find-and-gather-dcm-tags.bash

#!/bin/bash

# DEPENDENCY: Bash
# DEPENDENCY: Perl v5.8+
# DEPENDENCY: `file` command
# DEPENDENCY: dcmtk -- https://dicom.offis.de/en/dcmtk/dcmtk-tools/

# SEE: https://www.dicomlibrary.com/dicom/dicom-tags/

# 현재 디렉토리 이하의 DICOM 파일만 검색하여,  특정 DICOM 태그를 모아서 JSON형태출력.

# 예시: `x.json`-파일에 모은 파일이름과 태그값 출력.
#
# bash./find-and-gather-dcm-tags.bash >> x.json

function STDERR () {
  cat - 1>&2
}


for f in $(find .); do
  FILE_STR=$(file "$f")
  if [[ ! $FILE_STR =~ "DICOM medical imaging data" ]]; then
    continue
  fi

  # DICOM 파일 맞음:
  echo "DUMPING: ${f} ..." | STDERR
  TAGS=$(dcmdump "${f}")

  # DICOM Tag: (0008,0050)      SH      Accession Number
  #                                                        __________ : regex capture group.
  ACCESSION_NUMBER=$(echo "${TAGS}" | perl -ne'/(0008,0050).+\[(.+)\]/ && print $2')
  #                                              --------- : DICOM Tag ID

  # OUTPUT
  printf '{"filename":"%s", "accession_number":"%s"}\n' "${f}" "${ACCESSION_NUMBER}"

done