Quieres escanear un documento a doble cara, pero tu escáner solo escanea a una cara; no es difícil de hacer en Linux con pdftk.
Voy a suponer que los archivos escaneados están en formato .pdf.
Lo primero es instalar pdftk:
$ sudo apt install pdftk
Lo segundo es escanear las páginas impares a «nones.pdf», que quedan en orden inverso (11, 9, 7, 5...).
Lo tercero es dar la vuelta al documento para escanear las pares al archivo «pares.pdf», que quedan en orden correcto (2, 4, 6...)
En el paso final se unen los dos archivos («pares.pdf» y «nones.pdf») en otro («documento.pdf») con las páginas bien ordenadas. Esto se hace con pdftk:
$ pdftk A=nones.pdf B=pares.pdf shuffle A Bend-1 output documento.pdf
Y ya está, pero te recomiendo gastar cien euros más en un escáner a doble cara. Tu vida será más fácil.