Example.cs

using UnityEditor;
using UnityEngine;

[InitializeOnLoad]
public static class Example
{
    private const int WIDTH = 16;

    static Example()
    {
        EditorApplication.hierarchyWindowItemOnGUI += OnGUI;
    }

    private static void OnGUI( int instanceID, Rect selectionRect )
    {
        var gameObject = EditorUtility.InstanceIDToObject( instanceID ) as GameObject;

        if ( gameObject == null ) return;

        var position = selectionRect;

        position.x     = position.xMax - WIDTH;
        position.width = WIDTH;

        var newActive = GUI.Toggle( position, gameObject.activeSelf, string.Empty );

        if ( newActive == gameObject.activeSelf ) return;

        gameObject.SetActive( newActive );
    }
}

すばらしい拡張をありがとうございます。
最後の行ですが、現状だとトグルで変更してそのままシーンを切り替えると、保存されずに切り替わってしまいますので、Undoの登録とSetDirty()をするとより便利になると思います。
Undo.RecordObject(go, string.Format("{0} GameObject '{1}'", (newActive ? "Activate" : "Deactivate"), go.name));
go.SetActive(newActive);
EditorUtility.SetDirty(go);